Pada tahun 1615, ayahnda Raja Bujang telah menandatangani perjanjian damai dengan Portugis. Sebagai balsan Portugis telah melantik Raja Bujang sebagai permerintah di Pahang menggantikan anak Sultan Abdul Ghafur. Walau bagaimanapun, pelantikan ini tidak diiktiraf oleh Acheh. Hal ini menyebabkan Acheh menyerang Pahang sehingga Raja Bujang terpaksa melarikan diri ke Pulau Lingga. Semasa itu juga Acheh sedang memerangi Sultan Johor, Sultan Abdullah Ma'ayat Shah. Sultan Abdullah akhirnya telah juga melarikan diri ke Pulau Lingga. Oleh kerana serangan Acheh yang berterusan, Raja Bujang dan Sultan Abdullah telah melarikan diri pula ke Pulau Tambelan. Apabila Sultan Abdulah mangkat pada tahun 1623, Acheh telah menerima Raja Bujang dan melantik baginda sebagai Sultan Johor-Pahang.[1] Baginda telah bersemayam di Pulau Tambelan.